集成电路工程硕士的主要研究方向有:集成电路工程技术基础理论，集成电路与片上系统设计，集成电路应用，集成电路工艺与制造，集成电路测试与封装，集成电路材料、电子设计自动化(EDA)技术及其应用，嵌入式系统设计和应用，集成电路知识产权管理，集成电路设计企业和制造企业管理等。