利用各种生物信息学方法和实验方法来寻找miRNA的靶基因。

，鉴定miRNA靶基因的最常用方法是依赖计算机算法，如TargetScan、MiRanda和PicTar。它们预测miRNA种子区的结合。种子区（seed region）指的是miRNA上进化最为保守的片段，从第2个到第8个核苷酸，通常与mRNA 3’-UTR上的靶位点完全互补。