南京林业大学和南京农业大学是有区别的，两所学校隶属单位始终不同。南京农业大学长期属于中央部属高校，只是隶属的部门不同，早期隶属农业部，现今隶属教育部而已。南京林业大学则长期隶属江苏省领导。这种隶属关系不同，直接决定了两所学校的招生质量不同。南京农业大学长期面对全国招生，而且重点在全国，分重点在江苏省；而南京林业大学则正好相反，其重点招生是江苏省，分重点才是全国。这就使得南京农业大学的招生质量更高一些，相对实力更强一些。

南京林业大学在林业方面非常突出，林业是国家一级学科。

南京农业大学在农业方面有建树，农业是国家的重点培养学科。

南京农业大学和南京林业大学两所学校都位于江苏省南京市，属于同城高校，同时两所学校2017年都列入了世界一流学科建设高校，两家大学都属于全国重点大学。两所高校的真正区别在于，南京农业大学是一所211工程大学；而南京林业大学则并未列入211工程院校行列。