东南大学的王牌院系是自动化学院。东南大学自动化学院的前身是1957年筹建、1962年正式挂牌招生的自动控制系，是我国最早设立自动化专业的院系之一。同时，东大的自动化学院以领先的学术水平、严谨的治学学风、雄厚的科研实力而享誉国内外，在我国控制学界享有崇高的学术地位。