各有千秋。从医学院本身来说，南通医学院的实力稍好于扬州医学院。在江苏省，南通医学院当年仅次于南京医科大学，在全省排名靠前。

从两所大学来说，扬州大学的名气要高于南通大学，扬州大学是江苏省属重点综合性大学，是全国首批博士生硕士生授予点，在全国排名稳居100名以内，是我国双非高校中的顶尖大学，这些南通大学都不可比。所以说，这两所高校各有优势。

在江苏省内论名气的话，当然是南通医学院好点了，但各有千秋。虽然南通大学和扬州大学和江苏省会南京的高校相比，有点显得没有那么有光芒，但是这两所院校地处苏中地区，扬州和南通也都是历史名城。这两所高校都有一定的吸引力！