南京审计大学有11个二级学院：

1、 审计与会计学院 2、 金融学院 3、 经济与贸易学院 4、 工商管理学院 5、 公共经济学院 6、 管理科学与工程学院 7、 法学院 8、 文学院 9、 理学院 10、 工学院 11、 国际商学院