南京医科大学更强一些。

1、综合实力方面，江苏省医科排在国内前50位的高校有7所，分别是南京医科大学、苏州大学、中国药科大学、南京中医药大学、南京大学、东南大学和南通大学，对应的国内位次分别是第10、第12 、第20、第25、第30、第43和第50位。

2、医学学科规模得分排在前两位的分别是南京医科大学（15.1分）和苏州大学（12.1分）

差不多，都有各自的优势专业。

如果你是江苏人，将来想留江苏工作，都差不多，南京医科似乎还占优势。如果你是外省人，将来不一定留在江苏，那么果断苏州大学。

211院校，很多时候是大医院招聘的硬指标。