分子遗传学是在分子水平上研究生物遗传和变异机制的遗传学分支学科。经典遗传学的研究课题主要是基因在亲代和子代之间的传递问题；分子遗传学则主要研究基因的本质、基因的功能以及基因的变化等问题。

而细胞遗传学，是在细胞层次上进行遗传学研究的遗传学分支学科 行为和传递等机制及其生物学效应。

两者为不同的遗传学，所指含义不同，意义也不一样。

分子遗传学的水平要高于细胞遗传学，遗传学是从分子的角度来研究遗传，比如说DNA分子蛋白质分子。而细胞遗传学侧重于细胞层面上，细胞核内的遗传物质。