云南农业大学有校本部和五华校区、普洱校区、西双版纳校区。校本部校园占地面积1433402.46平方米，校舍面积560884.66平方米；五华校区、普洱校区、西双版纳校区占地面积1972148.57平方米，校舍面积619454.77平方米。

其中校本部和五华区校区在昆明。