烟雨江湖男主在40级内功阶段主要学习的是基础内功技能和进阶内功技能。

1. 在40级内功阶段，男主需要学习一些基础内功技能，比如调息术和内功修炼等，这些技能可以加强男主的内功修炼能力，提高其战斗力。

2. 此外，在该阶段男主还可以学习一些进阶内功技能，比如金庸心法和玄天无极功等，这些技能可以进一步提升男主的内功境界和攻击能力。

所以，烟雨江湖男主在40级内功阶段学习的内容主要是基础内功技能和进阶内功技能，通过不断学习和修炼内功，男主可以不断提升自身实力。