没区别，只是叫法不同。学院有专任教师455人，拥有3个一级国家重点学科，22个二级国家重点学科，有博士、硕士学位授予权的一级学科9个，设有8个博士后科研流动站。

区别如下：

第一，名称不一样，分别是复旦大学医学系和复旦大学医学部

第二，关系不一样，复旦大学医学部的级别要高一些，她下面可能设的有医学系。