北大数学学科起源于1904年京师大学堂的算学门。

1912年，京师大学堂改名为北京大学，理科中便含有数学门。

1913年秋，北京大学数学门招收新生，标志着我国现代第一个大学数学系正式开始教学活动。

1919年秋，北大改“门”为“系”，蔡元培校长在厘定各系秩序时说道：“大学宗旨，凡治哲学文学应用科学者，都要从纯粹科学入手，治纯粹科学者，都要从数学入手，所以各系秩序，列数学系为第一系。”1995年，北京大学数学科学学院成立，是国内第一个数学科学学院。

中国排名第一大的是曲阜师范大学数学系。