苏州大学东吴商学院不是民办学院，前身是苏州市财经学校（创办于1964年）并入苏州大学时成立的财经系。

1985年6月经江苏省人民政府批准，由省财政厅参与投资建设更名为苏州大学财经学院，也是苏州大学建立最早的二级学院。

2002年更名为苏州大学商学院。

2010年4月苏州大学与东吴证券股份有限公司签订协议共建苏州大学商学院，更名为苏州大学东吴商学院。