安徽工程大学里最好的专业是机械设计制造及其自动化。

其王牌专业有机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术、材料成型及控制工程、软件工程、纺织工程、食品科学与工程、环境设计、应用化学、金融工程、统计学等，可以算得上是最好的一些专业了