南通大学和江苏科技大学都是省部共建的省属重点大学，都还不错。

专业侧重不一样。江苏科技大学学科门类比较窄，侧重船舶。南通大学学科门类比较齐全，很多学科专业是江苏科技大学没有的，比如医学专业等等。

南通大学要比江苏科技大学好点。因为南通大学的学科建设较好，专业相对齐全，师资力量非常雄厚，科研能力较强。江苏科技大学更偏重于理工科，学科门类的建设还不足，整体竞争力不如南通大学。