地理位置不同：蒙古国位于中华人民共和国以北、俄罗斯联邦以南，是一个被两国包围的一个内陆国家。蒙古虽然不与哈萨克斯坦边境接壤，但其最西点到哈萨克斯坦的最东端只有38公里。内蒙古自治区位于中华人民共和国的北部边疆，东、南、西依次与黑龙江、吉林、辽宁、河北、山西、陕西、宁夏和甘肃8省区毗邻，跨越三北(东北、华北、西北)，靠近京津，北部同蒙古和俄罗斯接壤。

制度不同：蒙古国的首都及最大城市为乌兰巴托，其政治制度是议会制共和国。历史上，蒙古国的领土曾长期属于中国。而内蒙古简称“内蒙古”，为中华人民共和国省级行政区，首府呼和浩特，采用的是人民代表大会制度。

性质不同∶蒙古国是一个独立的国家，国土面积为156.65万平方公里;而内蒙古只是中华人民共和国一个省级行政区，所占国土面积为118.3万平方公里。

古国的八倍还多，内蒙古在2014年有2504.8万常住人口，而蒙古国到2016年也才区区三百万的人口。

在文字上，内蒙古使用的是回鹘式蒙古文，俗称老蒙文，而蒙古国使用的则是西里尔蒙古文，俗称新蒙文，这是在外蒙古独立后受苏联的影响而形成的文字。

内蒙古与蒙古国的风俗也不同，内蒙古的很多风俗是中式的，比如结婚、葬礼等，都跟中原地区的很多省份一样，而蒙古国的风俗则是西方化的。