一级质谱鉴定的方式主要为胎指纹图谱(PMF)，即利用质谱仪精确测量酶解片段的分子量并搜库比较实现蛋白质的鉴定；

二级质谱是在一级质谱的基础上再选择部分肽段做进一步的破碎并对碎片进行深入分析和比较，鉴定出该肽段的序列并结合PMF的结果从而实现蛋白质的鉴定。

二级质谱能够得到部分肽段的序列，具有更高的可靠性。随着现在对数据的要求越来越严格，二级质谱鉴定是蛋白鉴定的大趋势，而且即使目前做一级质谱鉴定的结果，也需要挑选部分PMF结果做二级质谱验证。