江西科技学院有两个校区，分别是南昌校区和九江校区。这两个校区有以下不同之处：

1. 地理位置：南昌校区位于江西省省会南昌市，而九江校区位于江西省九江市。两个校区的地理位置不同，所在城市的气候、文化等环境也会有所差异。

2. 规模与面积：南昌校区是江西科技学院的主校区，占地面积较大，校园内设有各类教学科研及生活设施，包括教学楼、实验室、图书馆、学生宿舍等。九江校区相对较小，设施规模较南昌校区略小。

3. 专业设置：南昌校区和九江校区的专业设置可能会有一定差异，根据不同校区的资源和发展方向，可能会有一些专业在其中一个校区设有，而另一个校区没有。

4. 学科优势：由于南昌校区是江西科技学院的主校区，有更多的教学科研资源和师资力量，可能在某些学科上有更强的优势。而九江校区也会有一些独特的学科特色。

总的来说，南昌校区作为江西科技学院的主校区，规模和资源相对更大，专业设置更完善；而九江校区则是学院的分校区，规模和资源相对较小，专业设置可能会有一些差异。