云南农业大学的研究生院拥有研究生专业有，包括农学、工学、理学、管理学、经济学、法学、教育学、文学、历史学和艺术学，涵盖了农业、生态、食品、机械、动物医学、化学、环境、社会、人文等多个领域。

在这些学科门类下，有涉及植物保护、生物技术、农业资源利用、农业生态环境、农业经济管理等多个专业，如农业资源与环境、植物保护、生物技术等。

主要有农业硕士、兽医硕士、翻译硕士、体育硕士、风景园林硕士、社会工作、生物与医药、资源环境和土木工程9个专业学位类别