会计系和会计学院没有什么区别 。一般在大学里 会下设 各学科的学院 ，而在高职高专的学院会下设会计系。比如辽宁大学的会计管理学院 ，黑龙江工商管理 学院的会计系 。

但是有些院校 也会在财务管理学院中设会计系 ，对会计专业无论如何设置或是院还是系，会计学科内容基本上是一致。