中国农业大学是我国现代农业高等教育的起源地，其历史起自于京师大学堂农科大学。

1898年，中国近代意义上第一所国立综合性大学——京师大学堂建立，1905年，作为京师大学堂八个分科大学之一的农科大学开始筹建，这是形成中国农业大学的最早源头。

从1905年到1938年，学校经历了晚清、北洋和国民政府三个时期，校名和组织机构也随政局变迁不断演变。

1914年2月，农科大学独立，改组为国立北京农业专门学校，以“教授农业高等学术，养成专门人才”为办学宗旨，是当时北京著名的国立八校之一。

1923年3月，北京农业专门学校改为国立北京农业大学，以“改进农业及农民生活，培养各种农业专门人才，期与农民通力合作，蔚成农村立国”为新的办学宗旨。

1928年，国民政府改北京为北平，实行大学区制，将北京国立九校合并组建国立北平大学，农大旋即改为国立北平大学农学院。

从1905年10月成立京师大学堂农科大学起，中国农业大学已经走过近百年的发展历程。它是我国农业高等教育的历史起源地。

中国农业大学的前身有几个独立的系统：

一是从京师大学堂农科大学发展到北京大学农学院;

二是从清华学校农科发展到清华大学农学院;

三是从延安自然科学院生物系发展到华北大学农学院;三个系统于1949年9月合并为北京农业大学。

1952年，北京农业大学农业机械系与华北农业机械专科学校、中央农业部机耕学校、平原农学院合并成立北京农业机械化学院，1985年更名为北京农业工程大学。

1995年5月，经国务院批准，北京农业大学和北京农业工程大学合并成立中国农业大学。