在教育部第四轮学科评估中，南昌大学共有28个学科上榜，其中A级学科（食品科学与工程学科）1个，位列全国第3，B-级学科11个。学校的化学、临床医学、农业科学（食品科学与工程为主）、工程学、材料科学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、分子生物学和遗传学等8个学科进入ESI世界排名前1%，其中农业科学（食品科学与工程为主）进入ESI世界排名前1.15‰，临床医学进入ESI世界排名前2.56‰，化学进入ESI世界排名前3.29‰。