正宗的同仁堂是北京的，南京同仁堂是它的分号。

北京同仁堂创建于1669年（清朝康熙八年），前后为雍正，乾隆，嘉庆，道光，咸丰，同治，光绪，宣统这8个皇帝提供过御药。

南京同仁堂前身是“北平同仁堂京都乐家老铺南京分号”，1926年因政治中心南迁，经乐氏家族的内部协调最终同意由第十三代传人乐笃周开设南京同仁堂。是北京同仁堂唯一一家正宗分号，配方、工艺、炮制标准与北京同仁堂完全一致。后在1956年南北同仁堂分开经营，与北京同仁堂共承祖业。

都一样

经过347年的传承和发展，同仁堂成为了是中国传统中医药的一面旗帜，代表中国优秀的传统文化，在老百姓心中是质量和良心的典范，可见，他们的产品质量是没有问题的，不过要选择正规的产品的。

北京同仁堂和南京同仁堂各有各的特色，不能说哪个不如哪个，总的来说他们都有各自的好产品，产品好，质量好，这才是根本，大家说对不对。