1958年中国科学技术大学建校时就成立了高分子化学与物理系，是我国高校中第一个成立的高分子系，分为有机合成、高分子化学、高分子物理化学和高分子物理四个专业。

1997年化学与材料科学学院成立，高分子系恢复建制，更名为高分子科学与工程系(简称高分子系)。