成都市农林科学院有9个研究所，6个处室，一个内设机构，分别是行政办公室（与院党委办公室合署办公）、科技规划处、监察审计处（与纪委合署办公）、财务处、人事处、后勤管理处、农业信息与经济研究所、园艺研究所、作物研究所、农业机械研究所、林业研究所、水产研究所、再生能源研究所、畜牧研究所和农产品研究所、科技开发办公室