密码子（codon）是指信使RNA分子中每相邻的三个核苷酸编成一组，在蛋白质合成时，代表某一种氨基酸的规律。

基因（遗传因子）是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸序列。

基因是由ATCG四种核苷酸组成的，一长串的双链DNA。密码子是由UTCG组成的核苷酸组成的三个单链RNA分子。

密码子是mrna上面三个相邻的碱基。基因是DNA上面具有遗传效应的片段。所以二者所在的位置就不同。所代表的含义也不同。