南通大学本科的学科整体实力略强于常州大学。南通大学有23个硕士学位一级学科授权点，而常州大学只有15个；南通大学有5个博士学位一级学科授权点，而常州大学只有2个。南通大学硕士、博士的学科整体实力强于常州大学。