A、生物体内参与信息传递的信息分子不都是蛋白质，如性激素是脂类物质；A错误．B、组成细胞的各种分子并不是都因物质不同而存在结构和功能上的差异；

B错误．C、细胞骨架是真核细胞中与保持细胞形态结构和细胞运动有关的纤维网络．包括微管、微丝和中间丝；磷脂双分子层是构成细胞膜的基本支架；C错误．D、蛋白质结构的多样性是由氨基酸的种类、数目、排列顺序和肽链的空间结构决定的，其中有一个因素不同，蛋白质结构就不同；D正确．故选：D．