东南大学医学院和南京医科大比较，两所大学都很好各有千秋，因为东南大学属于985重点大学，高考分数要比南京医科大学要高，从专业全面性看南京医科大学要比东南大学医学院强，南京医科大学是211重点大学，也是老牌医学院之一，所以其科研和教学水平都是一流的。

南京医科大学整体实力都在东南大学医学院之上。不过东南大学是一所985工程高校，学校名气上比南京医科大学高一些。

东南大学医学院是原来的南京铁道医学院，与南京医科大学相比，实力还是有一定的差距的。南医大绝对是江苏省最好的医科大学。

南京医科大学比较好。

南京医科大学是首批教育部、国家卫生和计划生育委员会、江苏省共建高校和江苏高水平大学建设高校，中国政府奖学金来华留学生接收院校、江苏省高层次人才培养计划“333工程”培训基地，长三角医学教育联盟创始成员。