区别主要有以下几点：

1. 地理位置：渤海校区位于北京市东北部的渤海湾和后山之间，处于自然环境较为优美的地区；廊坊校区则位于北京市的南部廊坊市，离市区较远，但交通便利。

2. 办学规模：渤海校区是中医药大学东方学院的主校区，也是学院最早建立的校区之一，拥有完善的教学和生活设施，规模较大；廊坊校区则是后期建设的分校区，规模相对较小。

3. 专业设置：两个校区的专业设置基本一致，都以中医药相关专业为主，如中医学、针灸推拿学、中药学等。但可能存在一些细微的差异，具体以各校区的网站或招生信息为准。

4. 学术资源：作为北京中医药大学的校区，渤海校区拥有更多的学术资源和研究机构，可以提供更多的学术支持和研究机会；廊坊校区相对较新，可能在学术资源方面稍有欠缺。

总的来说，渤海校区是中医药大学东方学院的主校区，规模较大，拥有较多的学术资源；廊坊校区是分校区，规模较小，但也提供中医药相关专业的教育。选择哪个校区主要取决于个人的需求和偏好。