达尔文进化论的缺陷有：

一、进化论不能解释生物的许多器官的演化或特征。

二、进化论存在将“微进化”与“广进化”相混淆等多种逻辑错误。

三、现代生物遗传学否定进化论的证据。

四、分子生物学研究否定进化论。

五、古生物学证据的缺失。