1、在医药工业上的应用：基于发酵工程技术，开发了种类繁多的药品，如人类生长激素、重组乙肝疫苗、某些种类的单克隆抗体、白细胞介素，抗血友病因子等。

2、在食品工业上的应用：主要有三大类产品，一是生产传统的发酵产品，如啤酒、果酒、食醋等；

二是生产食品添加剂；

三是帮助解决粮食问题。

3、在环境科学领域的应用：污水处理中微生物的强化