厦航总部设在厦门，拥有子公司河北航空、江西航空，并在福州、杭州、北京、南昌、天津、湖南、台湾设有分公司，同时在境内外40多个大中城市设有营运基地、办事处和营业部，正逐步形成以厦门、福州为主基地，覆盖全国、辐射亚太、连接欧美澳的航线网络。