转录组测序的原始数据通常是RNA样本在高通量测序仪器中生成的DNA reads。这些reads是由短片段疏松测序生成的，长度约为50-300bp。其数量通常在数百万到数十亿个之间，由于RNA在不同的组织和不同的发育阶段中表达量差异较大，因此需要对不同样本的reads数量进行加工处理与比较分析，以发现与特定细胞状态和功能相关的转录本。

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等。