1、学科设计不一样：医科大学要求在人文学科（哲学、文学、历史学）、社会学科（经济学、法学、教育学）、理学、工学、农学、医学、管理学等学科门类中，拥有3个以上学科门类作为主要学科。医学院也没有这么具体的要求。

2、实力不一样：医科大学，是比医学院整体实力更高的医学院校的命名，一般当一所医学院达到或超过医科大学的条件要求可以向当地教育厅和教育部申请升格为医科大学。

3、人数要求不一样：中国大陆境内的医科大学全日制在校生基本要求是规模在8000人以上，在校研究生数高于全日制在校生总数的5%。医学院则没有这个要求。

基本上讲，医学院就是医学部，医学部就是医学院。名字有差异，本质意思都一样，至于是医学部更独立，还是医学院更独立，这个和名字没有任何关系。