超螺旋是DNA在形成双链以后再次螺旋形成的,有正超螺旋,负超螺旋.一般的生命体是负超螺旋,可以减少DNA螺旋的圈数.正超螺旋可以增加螺旋数,有些细菌和病毒是正超螺旋。

由于具有螺旋结构的双链各自闭合，结果使整个DNA分子进一步旋曲而形成三级结构。自然界中主要是负超螺旋.另外如果一条或二条链的不同部位上产生一个断口，就会成为无旋曲的开环DNA分子。从细胞中提取出来的质粒或病毒DNA都含有闭环和开环这二种分子。可根据两者与色素结合能力的不同，而将两者分离开来。