主要区别如下：

学院划分：工学多在光电学院，理学在物理学院。

课程内容：工学偏向工程类，如工程光学、光学器件制造；理学偏向理论类，如激光原理、量子力学。

发展方向：工学多从事实际工程应用，如光学工程师；理学更适合深造，从事理论研究。