构建转基因工程菌是指通过现代分子生物学、分子遗传学、合成生物学等生物技术方法将外源基因转入目标菌株中进行表达，获得携带有外源基因并表达的新的基因工程菌株。

转基因工具一般包括质粒载体、染色体整合载体或CRISPR/CAS9基因组编辑等，转基因的方法一般有遗传转化，噬菌体转导与结合转移等等。

构建转基因工程菌意思是指可以利用改造后的大肠杆菌、酵母等大量生产人们所需要的蛋白等产品。