在自动化专业考研中，最重要的科目是控制理论与控制工程。控制理论是自动化专业的核心基础，涉及到系统建模、控制方法和控制系统设计等内容。

控制工程则是应用控制理论解决实际问题的实践性科目，包括控制系统设计、参数调节和系统优化等。

掌握控制理论与控制工程能够为自动化专业的深入学习和研究打下坚实基础，也是未来从事自动化工程和研究的必备技能。因此，控制理论与控制工程是自动化专业考研中最重要的科目。

自动化专业考研最好的科目，电气工程及其自动化