旗山校区专业则有工程管理、土木工程、交通工程、森林工程、物流工程、材料科学与工程、化学工程与工艺、木材科学与工程、轻化工程、新能源科学与工程

福建农林大学旗山校区设有材料工程学院、机电工程学院、风景园林与艺术学院、交通与土木工程学院四个学院，有理、工、经、管、文、法、艺等多学科。