超分子通常是指由两种或两种以上分子依靠分子间相互作用结合在一起，组成复杂的、有组织的聚集体，并保持一定的完整性使其具有明确的微观结构和宏观特性。分子识别是超分子化学的核心研究内容之一。所谓分子识别即是指主体（受体）对客体（底物）选择性结合并产生某种特定功能的过程。

这种结合不是靠传统的共价建力，而是靠称为非共价键里的分子间作用力，如范德华力、疏水作用和氢键等。

这实际上是一种锁钥原理。

多数情况下，受体与底物间形成数量较多的分子间相互作用，几种分子间力的加和与协同并且具有一定的方向性和选择性，其总的结合力不亚于化学键的强度。

正是这种分子间弱相互作用的协同性、方向性决定着超分子的选择性识别。