植物一般是由根、茎、叶、花、果实、种子六大器官构成，其中根、茎、叶是营养器官，花、果实、种子是生殖器官。

因为营养器官更易受外界环境影响，变异大，而生殖器官受外界环境影响相对较小，变异小，可以较准确地反映出植物物种间的进化、亲缘关系。

所以一般用生殖器官作为植物的分类依据。

而被子植物的种子包于果皮之内，一般需经解剖才能观察得到，而且亲缘关系相近的植物之间种子的形态差异很小，很难作为分类依据。

所以植物分类中一般以花和果实作为主要依据。