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福建农林大学海洋学院于2021年11月21日上午正式揭牌成立。福建农林大学水产学科于2003年创办。

2017年6月，学校整合水产、生命和食品学科的相关团队，成立了海洋研究院。

2021年11月，学校整合涉海领域的优势团队，成立了海洋学院。

海洋学院按照研究型海洋学院发展定位，举办水产养殖学、海洋科学、海洋管理、食品科学与工程（海产品加工方向）4个本科专业，涵盖水产、海洋科学2个一级学科，并具有本硕博完整人才培养体系。