1.管理归口不同，科技创新基金属于科技部管理，中小企业技术创新专项属于经信部门管理；

2.申报主体不同，科技创新基金大中小型企业都可以申报，中小企业技术创新专项主要面向中小企业；

3.扶持对象不同，科技创新基金主要扶持的是具体的某个创新项目，中小企业技术创新专项更多的是扶持企业创新发展。