四个校区，分别是：滇池校区、呈贡校区、宜良校区和西山校区。

滇池校区位于昆明滇池度假区体院路1号(原昆明学院海埂校区)，校园占地72亩，环境优美、绿化面积大、硬件设施配套齐全。

呈贡校区位于昆明市呈贡新区景明北路吴家营社区对面，紧邻市政府和新火车南站，是目前昆明市环境较为优美的现代化学校之一。

衡水中学在昆明的分校有滇池度假区衡水实验中学，呈贡衡水实验中学，宜良衡水实验中学，云南衡水实验中学西山学校四所。