调档函是针对调档案的时候需要给档案所在单位提供一份材料，只是涉及到调取个人档案的情况，而商调函是针对个人工作调动，从一个单位申请调动一个人到自己单位工作那就需要发商调函，所以这两个是针对不同的情况用的。

需要调取的对象不同。

商调函是拟调入的单位组织部门发出的对本人调动意向征求意见的函件，是对人的。调档函是对拟确定的人选商请查阅档案的函件。