两个大学在有机化学方向的水平不分伯仲，都是全国最好的。中国科学院大学有机化学的研究人员比北大多，如果要报考研究生，可选择的导师更多，机会也更大。另外，中国科学院大学的有机化学研究机构主要是上海有机化学研究所，学生要在上海学习。

根据排名，北京大学略好。前10排名如下：

1.兰州大学，2.南开大学，3.北京大学，4.浙江大学，5.四川大学，6.中国科学技术大学，7.清华大学，8.吉林大学，9.山东大学，10.南京大学等

北京大学和中国科学院大学都是我国著名高等学府，就有机化学研究而言，中国科学院大学要比北京大学在这一领域更好。