南通大学是在2004年由三所院校合并组建而成，具体包括：

原南通医学院

原南通工学院

原南通师范学院

这三所院校分别代表了医科、工科和师范教育领域，合并后的南通大学因此涵盖了医学、工科和师范教育等多个学科门类。南通大学的建立不仅体现了江苏省对高等教育的重点投资，也是南通地区唯一一所公办本科大学，对于提升地区教育水平和科研能力具有重要意义

南通师范学院，南通纺织工学院，南通医学院