北京工程学院有这些桥梁工程系、隧道与地下工程系、建筑工程系、岩土工程系、道路与铁道工程系、市政与环境工程系、力学系和土木工程实验中心等教学单位，隧道与地下工程教育部工程中心、城市轨道工程研究中心等研究机构，以及勘察设计研究院，拥有土木工程、力学、交通运输工程专业

前身是北京铁道学院，现在发展到设有桥梁工程系，隧道与地下工程系，建筑工程系，岩土工程系，道路与铁道工程系，市政与环境工程系等等。