南京大学水科学系，南京大学水科学系是2006年4月才正式成立的“特区模式”新系。多年来，南京大学在水科学研究领域师资力量雄厚，研究特色鲜明，研究成果突出，为我国水科学研究做出了重大贡献。

1952年全国3所高校首批设立“水文地质工程地质”专业，南京大学便是其中之一。